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在經(jīng)歷了N次跳票之后，我們高興地宣布：PDBbind數(shù)據(jù)庫的最新版（2021版）終于正式上線公布啦！

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PDBbind數(shù)據(jù)庫致力于系統(tǒng)地?收集和整理Protein Data Bank中各類復合物的三維結構信息及其對應的親合性實驗數(shù)據(jù)。此類數(shù)據(jù)信息在發(fā)展描述靶標-配體相互作用的計算方法等類型工作中發(fā)揮著不可替代的重要作用。因此，PDBbind數(shù)據(jù)庫在過去近20年來得到了極廣泛的應用，成為了我國在藥物設計領域中創(chuàng)建的擁有自主知識產(chǎn)權的較為知名的數(shù)據(jù)庫之一。

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據(jù)不完全統(tǒng)計，國內(nèi)外用戶利用PDBbind數(shù)據(jù)庫提供的高質(zhì)量數(shù)據(jù)信息已公開發(fā)表的研究工作就超過了1000項。PDBbind數(shù)據(jù)庫2021版是該數(shù)據(jù)庫歷史上最重要的一次更新，標志著一個全新的開端。

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PDBbind 2021版以及未來的版本將唯一地在全新的PDBbind+網(wǎng)絡平臺上發(fā)布（http://www.pdbbind-plus.org.cn/）。

PDBbind 2021版主要亮點

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功能顯著增強的網(wǎng)絡平臺

全新的PDBbind+平臺基于行業(yè)領先的IT企業(yè)提供的商業(yè)云服務器資源，為用戶提供更穩(wěn)定的網(wǎng)絡連接和支持更強大的在線計算服務，并提供用于?結構可視化?和?數(shù)據(jù)分析?的先進功能和增強的用戶體驗。

另外，該平臺集成了本團隊自主研發(fā)的?反向找靶COMET方法，用戶可以在線提交作業(yè)并快速獲得反饋結果。PDBbind+平臺未來將整合更多實用功能，打造成一個面向藥物設計的綜合性服務平臺。

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規(guī)模顯著擴展的親合性實驗數(shù)據(jù)

從原始文獻中精心收集的?復合物親合性實驗數(shù)據(jù)?是PDBbind數(shù)據(jù)庫的核心價值。PDBbind 2021版本基于Protein Data Bank在2021年1月發(fā)布的內(nèi)容來制作，包含?27,408個生物分子復合物的親合性實驗數(shù)據(jù)（其中蛋白-配體復合物22920個，蛋白-蛋白復合物3176個，蛋白-核酸復合物1141個，以及核酸-配體復合物171個），數(shù)據(jù)總量比上一個版本（2020版）增長了約20%。

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質(zhì)量顯著改善的復合物結構文件

經(jīng)過細致的預處理、開箱即用的?蛋白-配體復合物三維結構?文件是PDBbind數(shù)據(jù)庫的另一項核心價值。在制作新版本的過程中，我們設計和實施了全新的工作流程來處理源自Protein Data Bank的結構文件，保證蛋白分子及配體分子在給定文件格式下得到準確且合理的表征。

PDBbind數(shù)據(jù)庫之前版本中包含的蛋白-配體復合物結構文件在此次更新中也采用新的工作流程徹底進行了重制，解決了過去遺留的種種問題，顯著提升了結構文件的整體質(zhì)量。

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為了傳承我們長期以來服務藥物設計領域中同行的光榮傳統(tǒng)，所有用戶依然可以免費在PDBbind+平臺上注冊并自動成為體驗用戶。體驗用戶（demo user）可以訪問PDBbind+平臺上免費提供的數(shù)據(jù)（例如PDBbind 2020版）和在線計算功能（例如試用COMET方法）。如果您已經(jīng)是PDBbind-CN老網(wǎng)（http://www.pdbbind.org.cn/）的注冊用戶，您在近期內(nèi)將收到我們的通知郵件，幫助您輕松實現(xiàn)在PDBbind+新網(wǎng)站上的注冊手續(xù)和賬戶信息遷移。

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對于那些希望使用PDBbind最新版本（目前為2021版）和額外功能的用戶，我們提供購買選項，并收取適度的使用許可費。付費用戶將可解鎖PDBbind+平臺上所有可用數(shù)據(jù)和計算功能的完全訪問權限。具體情況請了解PDBbind+平臺上公布的相關信息（https://www.pdbbind-plus.org.cn/subscribe）。

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自2007年首次上線公布以來，我們基本保持每年定期更新PDBbind數(shù)據(jù)庫。然而，PDBbind 2021版本的公布顯然大大落后于正常的更新時間表，其中主要的原因是此次更新需要極大的額外工作量，COVID-19的大流行以及其他一些技術原因。由于我們在制作2021版本的過程中已成功建立了新的工作流程，我們相信在不久的將來就會恢復每年發(fā)布更新的做法。

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我們感謝各位用戶過去對PDBbind數(shù)據(jù)庫的關注和支持。您們的支持激勵著我們繼續(xù)努力將PDBbind數(shù)據(jù)庫發(fā)展為更有價值的社區(qū)資源。

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【注】PDBbind數(shù)據(jù)庫的版權由復旦大學所有。PDBbind+網(wǎng)絡平臺由上海陶術生物科技有限公司協(xié)助建立和運營。發(fā)展自主知識產(chǎn)權的數(shù)據(jù)庫不易，敬請用戶自覺遵守版權使用協(xié)議的規(guī)定。如果發(fā)現(xiàn)用戶有違反協(xié)議的行為，我們保留追究相關責任的權利。

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